La música surf californiana a principio de los 60 aumentó la popularidad de la Stratocaster, junto a la Jazzmaster y la Jaguar por artistas como Dick Dale o Beach Boys.
En 1961 se hicieron algunas modificaciones. Mejoraron el acabado rojo y negro del sunburst (más parecido al actual), el mástil tuvo una forma de D y se añadieron 2 números a la patente de las clavijas. En 1962 se agregó un tercer número de patente y empezaron a estampar las fechas en el mástil en vez de escribirlas a lápiz. El diapasón se adelgazó, haciendo una unión más estable. En 1963 dejaron de datar el clavijero y movieron tornillos del pickguard.
A mediados de 1964 empezó el cambio de clavijero, en una etapa de transición. Se agregó el cuarto número de patente, el sunburst quedó más amarillento. A finales de 1964 se cambiaron los inlays laterales de perlado a arcilla, y los superiores a perlados. Las pastillas por dentro eran grises y se cambió el logo de las clavijas.